科大iGEM队伍参加2017年iGEM亚太会议

 2017年7月30日至8月4日,科大iGEM软件队(USTC-Software)与实验队(USTC)赴台湾国立交通大学参加2017年iGEM亚太会议(iGEM Asia Pacific Conference),来自中国大陆、台湾、日本和美国的30余支队伍出席会议并做了精彩报告。

在过去五年的时间里,德意志银行一直通过中国科大新创校友基金会支持中国科大两支iGEM代表队,中国科大作为最早参加比赛的队伍之一,多年来一直保持着国内最好成绩更离不开德意志银行的支持。尽管今年由于公益资助方向调整,德意志银行无法再对iGEM提供资助,但中国科大与新创基金会仍要向德意志银行的大力支持表达深切谢意!新创基金会对于今年的iGEM项目尚在考察中,尚未确定是否资助。

7.30日下午中国科大两支队伍顺利抵达台湾,休整一天后,7.31日晚上,2017年iGEM亚太会议正式开始,首先进行的是Talent show,有来自主办方的舞蹈,有来自USTC实验队的长拳,还有其他各种各样的才艺,年轻的队员们在舞台上肆意释放着青春,把整个大厅变成了一片欢乐的海洋,给观众留下了深刻印象。

USTC实验队表演长拳

USTC队展示才艺

开幕式于8月1日上午进行,各个队伍上台简短介绍队伍成员及研究项目,开幕式结束后各队张贴海报,气氛顿时变得十分热烈。在午餐时间,仍有很多队伍在海报前相互介绍,讨论。

8月1日下午各队报告正式开始,USTC-Software的报告顺序为第二个,郭振江、丁坤庆、毛逸三名同学上台报告,简短介绍了中国科大和队伍成员,并完整清晰的阐述了BioHub2.0的灵感、功能模块,吸引了很多实验队成员提出问题、期望,并给出了一些很有价值的建议。报告完毕后,会议主持,来自国立交通大学的罗惟正老师专门来到队伍中间,和队员一起讨论,指出了软件可能的提高方向。

USTC同学上台报告

罗惟正老师与队员讨论

8月2日继续是各个队伍的报告,报告分两个会场同时进行,队伍成员自由选择,听感兴趣的报告,在一页页ppt和一问一答中,队员的知识水平和见解在飞速提高,深深体会到了生物合成学的奇妙和博大精深。

8月3日进行闭幕式,国立交通大学校长张懋中先生出席并给参加会议的同学颁发证书,闭幕式结束所有老师同学合影留念,各支队伍领取纪念品,2017年iGEM亚太会议正式结束。

iGem全体老师和同学合影

学生证书

奖牌纪念品

离开台湾之后,队员们感触颇多,短短的几天会议,队员收获了生物合成学的专业知识,得到了未来的前进方向,体验了台湾的风土人情,最重要的是收获了和其他队伍的友谊,在之后的大赛准备中可以相互借鉴、相互帮助,每个参会者都会牢牢记住大会结束时的约定:11月,波士顿见!

2017iGEM队伍备赛进展

软件队进展详情

截止到8月13日,软件队已经完成了前端的插件系统部分,论坛系统的基本搭建,美工正在进行美化,形成了目标软件的初步搭建,目前正在与后端对接。

学期中旬开始,软件队队员针对历年iGEM参赛金牌作品进行调研,分析各个作品的优缺点,考虑本队今年课题。

2017软件队功能介绍

在学校组织的五月风科技展示与对外开放周中,软件队队员热心地向来访市民展示合成生物学的最新研究成果,并提供趣味合成生物学游戏,以便让他们能更直观地了解。

科技周队员耐心讲解

在五月中旬,队伍基本确定今年制作的软件BIOHUB三部分软件模块内容:账户系统,论坛系统,插件系统。为iGEM参赛队员与合成生物学研究者提供计算,分析工具和交互式讨论评价体系。

2017iGEM 软件队前端组合影

2017iGEM 软件队后端组合影

七月中旬队伍开工,软件编写方面分为前后端进行,目前为止前端已基本完成,后端部分插件尚未完工,目前仅更新出BIOHUB 1.0版本。

BIOHUB1.0登录界面

BIOHUB1.0用户界面

在八月初,软件队的几位同学参加了与台湾新竹举办的iGEM亚太地区交流会,和来自大陆,台湾,日本,美国等高校的同学进行了关于合成生物学的交流,在了解了其他队伍进展的同时,也增进了彼此的感情。

软件队进展(10.16)

软件队主要实现了一个大家能方便、快捷地分享、交流parts使用经验的论坛平台,实现了基本的动态和关注功能,并在这些基本功能之上对很多显示功能进行了美化工作,让文档看起来更加清晰。
相对于上一次的工作进展,本次新增几项功能:

1、将biobrick managers的搜索功能集成在论坛的搜索功能中,使得它变得非常强大。

2、另外还有plugins功能,即用户可以动态的添加或者删除使用的插件,利用插件可以在论坛平台上完成更多事务

具体界面演示如下列图:

用户个人信息页面,能看到最新的动态和个人信息

Plugins系统演示,可以切换使用plugin进行分析

biobrick的搜索功能,可以看到各种biobrick的信息

share experience的界面

实验队进展详情

截止到8月12日,实验队已经完成了第一步基因线路搭建,目前正在进行基因表达和功能的验证。

学期中实验队队员一直在进行课题调研,不同成员在每周一的组会上提出自己调研的结果并给大家讲解。

前期实验操作培训

在学校组织的五月风科技活动周中,队员积极进行社会服务和社会调研,走进科大幼儿园为小朋友们普及生物知识,开展趣味实验。

五月风科技活动周照片

五月风科技活动周照片

在六月份初实验队在集体组会讨论后初步确定了几个课题,包括:二手烟的危害治理,重金属离子的鉴定和治理综合系统,硫化镉光催化生物合成。

在六月末实验队组织了和生命科学学院的教授们的交流。在他们的建议之下队员确定了最终的课题:硫化镉光催化生物合成。同时队员还展开了预实验,初步验证了本课题的可行性。

硫化镉光催化合成示意图

定题会交流现场

七月初实验队队员正式开始试验,第一步是搭建基因线路,经过一个月的实验,我们初步完成了基因线路的搭建,现在正在进行表达和功能的验证。

实验队成员正在认真做实验

同时,实验队的建模,网页建设,社会实践和后勤等工作也在有条不紊的进行。

在八月初,实验队的几位同学赶赴台湾新竹参加了iGEM亚太地区交流会,和来自大陆,台湾,日本,美国等高校的同学进行了关于合成生物学的交流,收获颇丰。

试验队进展(10.16)

实验方面,实验队队员已经完成了所有官方要求的part的搭建和提交工作,也完成了系统功能的验证。和中区的化学实验室合作,测定了系统工作性能的主要指标------电流。至此实验部分的工作全部结束。

网页建设方面,实验队队员成功编写设计了主网页和子网页,并且上传了部分wiki和照片,目前更多的wiki正在上传中,预计一周内可以完成上传。

交流工作方面,实验队组织队员走访了合肥几家生物制药公司,并且与其针对我们项目的应用以及前景进行了交流,丰富了我们human practice的内容。

后勤工作方面,实验队队员已经订好了去参赛地点波士顿的机票和住宿,并且和jambree主办方进行了初步的沟通,对比赛的流程有了初步了解。

    

关于iGEM与合成生物学

iGEM是International Genetically Engineered Machine competition(国际基因工程机器大赛)的缩写,是国际上合成生物学领域的顶级大学生科技赛事。合成生物学史近年来生命科学领域的新兴方向,其目标是希望通过重组现有的基于 dna序列的功能组件,如调控序列,RNA,蛋白质等,实现对生命科学研究或者对生产生活有意义的新的菌种。这个方向直接搭建起了基础生物研究和生产生活实践之间的桥梁,有些成果甚至直接转化成产品,所以同时受到了学术界和工业界的关注。iGEM官方网站为igem.org

iGEM简史与赛事特点

该竞赛由美国麻省理工学院 2003 年创办,2005年发展成为国际赛事,2008 年有21个国家和地区的 84 支队伍参赛,2009年有112支队伍参赛,国际知名的大学如MIT, Harvard, Stanford, Berkeley, Cambridge均参加角逐,中国高校中北大、清华、上海交大、天津大学也都参与2009年竞赛。每年的竞赛受到 Nature,Science,Scientific American,Economists 等杂志,以及 BBC 这样的传统媒体的关注并进行专题报道。2016年该竞赛吸引了来自全球各个国家多达470支队伍参赛

iGEM比赛要求学生自主选题,利用课余时间合作完成相应的实验工作,充分锻炼了学生的独立工作能力和团队协作能力,同时也培养了学生对于科学的热情。参赛队伍使用主办方提供的材料自主完成项目,通过编写队伍wiki、海报讲解、演讲展示等方式进行交流评比,在诊断与治疗、能源、环境、食物与营养、信息处理、艺术设计、硬件、软件等多个方向决出奖项。参赛学生可将研究所取得的有用成果提交给MIT的竞赛组委会,供全球的科学家共享参赛队伍的研究成果。

 

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